Puskesmas Ngantru berada di wilayah desa Ngantru. Pada tahun 1974 Desa Ngantru memberikan tanah kas desa (bengkok) seluas 3000 m2 untuk dibangun pusat kesehatan. Pada tahun 1975 mulai dibangun gedung pusat kesehatan seluas 1,142 m2. Pada saat itu petugas kesehatan masih sangat minim, hanya ada 1 orang petugas kesehatan sehingga gedung puskesmas dijaga oleh PMD (Petugas Malaria Desa). sampai pada tahun 1980an hanya ada kira-kira 10 orang.Dengan berjalannya waktu puskesmas mengalami perkembangan dan hingga semua program dapat dipegang oleh 1 orang untuk 1 program, yang dulunya terjadi kekurangan tenaga.
Pada awalnya Puskesmas ngantru membawahi 13 desa, pada tahun 1986 puskesmas ngantru dipecah menjadi dua, yaitu Puskesmas Ngantru yang mebawahi 8 desa( Bendosari, Batokan, Ngantru, Banjarsari, Kepuhrejo, Pulerejo, Mojoagung, Pojok) dan Puskesmas Pucung membawahi 5 desa(Pucung Lor, Padangan, Srikaton, Pinggirsari, Pakel).
Pada tahun 1998 Puskesmas Ngantru didirikanlah Unit Rawat Inap dan Unit Gawat Darurat (UGD) dan berjalan sampai sekarang. Setelah itu pada tahun 2005 menyusul didirikan Pelayanan Obstetry Neonatal Emergensi Dasar (PONED).
